מאגדת את 24 הרשויות המקומיות האזוריות ביש"ע, ונחשבת לארגון החוץ-פרלמנטרי הגדול ביותר בחברה הישראלית כיום. פועלת לביסוס היישובים והמאחזים, מתוך הכרה שמפעל ההתיישבות מהווה חלק מרכזי בהגשמת הציונות. במשך שלושת העשורים האחרונים הובילה מועצת יש"ע מאבקים רבים במדיניות הבריחה והנסיגה, הגירוש והעקירה. ריכזה את המאבק הציבורי הגדול ביותר בתולדות המדינה, המאבק בתוכנית ההתנתקות, והייתה הציר הארגוני והרעיוני מאחורי המחנה הכתום.המועצה פעילה למניעת פגיעה נוספת בשלמות הארץ באמצעות פעילות פוליטית, פרלמנטרית, משפטית והסברתית.

כמה שעות לאחר המראתו של ראש הממשלה לוושינגטון לקראת ועידה מדינית נוספת והטרור שוב הרים ראש. ארבעה הרוגים בני היישוב בית חגי אשר נורו מהמארב: יצחק וטליה איימס, כוכי אבן חיים, ואבישי שינדלר – ה' יקום דמם. זמן קצר לאחר הפיגוע קיימו במועצת יש"ע יחד עם ראשי הרשויות התייעצות טלפונית שבסיומה הודיעו: תום תקופת ההקפאה, חידוש תנופת הבנייה ביש"ע. במשך 120 שנות ציונות היישוב בארץ תמיד ידע לקום ממכה לתמיכה, והתשובה הציונית היא לבנות הם יורים ואנחנו בונים, כל אחד עושה מה שהוא מאמין בו.המשך